Собственная транспортная система создавалась НК «Альянс» для бесперебойной поставки нефти по железной дороге к принадлежащим Компании перерабатывающим нефтекомплексам  и для транспортировки готовой продукции сбытовым предприятиям. 

Доставкой нефти и нефтепродуктов занимается дочернее транспортно-экспедиторское предприятие ЗАО «Альянстрансойл».